Deponia sigue los pasos de rufus, un personaje peculiar que descubrimos cuando decide marcharse de su hogar, construido en el planeta basurero que da título al juego. Su sueño es viajar a una ciudad flotante donde se supone que vive con todo lujo y esto le ha llevado a probar todo tipo de inventos disparatados para alcanzar su objetivo, aunque siempre por una u otra razón han acabado en fracaso y con consecuencias bastante dolorosas para nuestro héroe.