Todo comienza con los planes para apoderarse del mundo del Malvado Señor de la Guerra Samurai. Una vez más ha comenzado a utilizar el antiguo arte de la Magia Kuji para convertir a los inocentes animales del bosque en obedientes guerreros Samurai centrados en su causa. Tras conseguir juntar un ejército de estos soldados, los envía a conquistar los castillos como punto de partida para aterrorizar a todo los territorios circundantes.
Su plan es brillante. Infalible. Bueno… excepto por un pequeño y casi insignificante detalle… Al utilizar la Magia Kuji de tal forma, el Señor de la Guerra ha cambiado el equilibrio de la naturaleza y despertado la ira de los dioses con la tierra, que se apreciará en forma de devastadoras tormentas. Inundaciones, terremotos, ventiscas amenazan con acabar con el mundo. Cuando más crecen sus ejércitos peores tormentas se desatan.

En el lugar más alejado del Imperio, el Maestro Ninja aguarda en los acantilados de la Montaña Ninja. Echando un vistazo contempla como todo están sucediendo cosas extrañas – sabe que el equilibrio de la naturaleza sido desestabilizado, pero ¿por qué? No sabe, todavía, que su vieja pesadilla del pasado ha vuelto, pero al menos sabe que su juramento de proteger el equilibrio de la naturaleza debe ser retomado.

Ha tomado una decisión. El Maestro Ninja escoge a su Ninja más hábil para enviarlo enana aventura para descubrir el origen de las tormentas. El tiempo pasa pero no hay noticias del Ninja. Una vez más, el Maestro Ninja escoge a otro de sus mejores Ninja, pero de nuevo no regresa. Así, uno y otra vez se ve obligado a enviar a sus pupilos a una misión de la que no acaban regresando.