Europa, 1946. La Segunda Guerra Mundial asola Europa. Aunque en otro momento los aliados llevaban ventaja, las fuerzas nazis han vuelto las tornas de un modo espectacular gracias a la avanzada maquinaria bélica del general Wilhelm Strasse, "Calavera". El fracaso del último asalto aliado contra el complejo de Calavera conlleva la pérdida de esperanza por parte de los aliados.
Europa, 1960. La guerra ha terminado y los nazis, que han doblegado hasta a las naciones más poderosas mediante el uso de una fuerza incansable y una intimidación brutal, han salido victoriosos. El régimen nazi gobierna ahora el mundo con mano de hierro.
Eres el capitán B.J. Blazkowicz, el héroe de guerra estadounidense que, tras emerger en este mundo de tinieblas, debe lanzar una contraofensiva imposible contra el monstruoso régimen nazi. Solo tú te atreves a plantar cara a un ejército imparable de robots y gigantescos supersoldados nazis. Solo tú puedes detener a Calavera. Solo tú puedes volver a escribir la historia.