Con un mayor enfoque en la elección por parte del jugador y de entornos amplios llenos de oportunidades para los distintos estilos de juego, así como ambientado en el exótico pero mortal norte de África durante la Segunda Guerra Mundial, Sniper Elite 3 lleva al agente estadounidense de las fuerzas de seguridad secretas, Karl Fairburne, tras las líneas nazis , contando con las habilidades cruciales de un francotirador para ayudar a los aliados contra los temibles tanques Alemanes Tiger que recorren el desierto . Pero no son sólo las famosas tropas africanas de los que Karl tiene qué preocuparse. Ya que pronto descubre los planes alemanes para construir una "Wunderwaffe" - arma maravilla - con el poder para aplastar a cualquier fuerza aliada en su camino, y de cambiar el rumbo de toda la guerra.