Esta última entrega ofrecerá una experiencia de juego ampliada con dos historias distintas para los dos protagonistas del juego- Escha y Logy. Por primera vez en la serie Atelier se permitirá a los jugadores escoger a su personaje principal que proporcionará una perspectiva de la historia y experiencia de juego únicas. El mundo se ha sumido en el crepúsculo y lentamente se aproxima a su fin. Dentro de este mundo había una nación que prosperó gracias a la utilización de la alquimia. Allí, para sobrevivir a la llegada de un eventual " crepúsculo final" los más devotos emplearon sus esfuerzos para redescubrir y recrear las perdidas tecnologías de la alquimia e intentar detener los avances del ocaso. Uno de nuestros héroes es un joven que investigó la alquimia en la Central y sew llama Logy , el otro , una chica que vive en una pequeña ciudad fronteriza y responde al nombre de Escha. Ambos se encuentran y hacen la promesa de utilizar su alquimia y vencer al Ocaso. Los dos aunarán sus esfuerzos