Deus Ex: Makind Divided transcurre en el año 2029, dos años tras los sucesos acaecidos en Human Revolution y el infame incidente con los Aumentos en Pancaya que provocó la muerte de millones de personas a manos de aquellos que habían instalado los aumentos. Este suceso ha provocado una enorme división entre aquellos que tienen aumentos y los que no. En esta confusión emocional hay diversas facciones que buscan manipular a las masas desvirtuando la opinión pública sobre los aumentos en su propio beneficio y encubriendo la verdad sobre lo que realmente ocurrió.

A medida que el caos social y político alcanza su punto álgido, Adam Jensen, el agente antiterrorista y superaumentado, vuelve a la refriega. Fortalecido con nuevos aumentos que reafirman su formidable arsenal estratégico, Jensen visitará multitud de nuevas localizaciones para descubrir las verdades ocultas bajo una capa de nuevas conspiraciones. Con más elecciones a disposición del jugador que nunca, Deus Ex: Makind Divided es la experiencia Deux Ex definitiva.