Digimon World: Next Order comienza cuando los jugadores, absorbidos al Mundo Digital, descubren que está bajo el asedio de los machinedramones. Rescatados de la destrucción inminente por dos digimones, los jugadores deben abrirse camino con sus compañeros digimones y atravesar el Mundo Digital para descubrir el origen del azote machinedramon y hallar una manera de volver al mundo real. En su recorrido, los jugadores alimentarán y entrenarán para el combate a sus compañeros digimones mientras progresan en el juego.
Digimon World: Next Order cuenta con más de 215 digimones a los que los jugadores podrán encontrar, reclutar y domesticar durante su aventura. Digimon World: Next Order dará también a los jugadores la opción de jugar como protagonista masculino o femenino y, por primera vez en la historia de la franquicia, les permitirá explorar el Mundo Digital con dos compañeros digimones. La clave para encontrar una manera de volver al mundo real y evitar la destrucción total del Mundo Digital a manos de los machinedramones radicará en establecer fuertes lazos y entrenar eficazmente a cada digimon.