La Tierra ya no es el entorno que solían conocer los humanos, puesto que los aragami han traído la miseria y la destrucción. Estas criaturas solo pueden ser derrotadas con los God Arcs, armas híbridas biomecánicas que han sido desarrolladas por una compañía llamada Fenrir. Los God Eaters, que han sido bendecidos (o malditos) con nuevas versiones de las armas God Arc, son los únicos que podrán usarlas. Antes de GOD EATER 3, fueron muchas las regiones que se convirtieron en páramos de ceniza inhabitables y hostiles. La culpa es de unas partículas, similares a la ceniza, que deterioran todo lo que tocan. Los pocos supervivientes del cataclismo se vieron obligados a crear bases subterráneas que llaman «puertos». En esos páramos de ceniza habitan nuevos y feroces aragami de ceniza, tales como Anubis o Ra, que suponen un gran desafío para los God Eaters. Sin embargo, los aragami no son los únicos que han cambiado: GOD EATER 3 incluirá God Eaters adaptativos (AGE), que son diferentes a los God Eaters del pasado. Los AGE están más próximos a los aragami, por lo que son más fuertes y letales en combate, así como más resistentes a esos páramos de ceniza.