Más caos, más destrucción y más Rufus. No uno, ni dos, sino tres Rufuses causarán toda clase de desastres en la tan esperada y divertida aventura gráfica Goodbye Deponia! Los habitantes de Organon planean la destrucción de Deponia, la encantadora Goal ha desaparecido (una vez más) y el antihéroe Rufus no parece dejar de seguir su camino. El espíritu libre y creativo de Rufus quiere abandonar el planeta vertedero de Deponia y trasladarse a Elysium, la nave espacial que orbita alrededor de Deponia, un paraíso reservado para las altas esferas de la sociedad. La ex elysina Goal, de la que Rufus se ha enamorado perdidamente, todavía parece ser la clave de su determinación... y lo que lo impulsará hacia el espacio. Finalmente, Rufus ha ideado un plan aparentemente perfecto. Pero todo lo que podía ir mal, de repente va mal. Rufus se encuentra (al principio disfrazado) patrullando por carretera junto a los hoscos oficiales de Organon, mientras Goal continúa desaparecida. Cuando Rufus se topa con una máquina clonadora, cree haber encontrado la salida ya que un clon supondría una ayuda para salir del apuro. Pero, por un error "inexplicable" se presentan nuevas complicaciones y Goal vuelve a escabullirse del alcance de nuestro héroe. Ahora Rufus tiene tres grandes problemas que resolver: Necesita volver a encontrar a Goal, llegar a Elysium y evitar que los habitantes de Organon destruyan completamente el planeta de Deponia. Tres problemas que solo tres Rufuses podrían solucionar y, por eso, ¡el desafortunado inventor decide clonarse a sí mismo! Esto hará que el jugador se encuentre en una disparatada encrucijada: En Goodbye Deponia, a veces el jugador deberá controlar a los tres Rufuses haciendo que trabajen juntos a pesar de que Rufus se tropiece consigo mismo a menudo.